Chegar à Pousada Pedra da Baleia é simples. A Praia da Fortaleza, onde ela está localizada, fica a 3 km da Praia Nova Brasília, onde chegam os barcos que fazem a travessia do continente até a Ilha do Mel.
As embarcações saem de Pontal do Sul, um balneário do litoral paranaense, a cerca de 110 km de Curitiba, capital do Estado, durante todo o dia, a cada 30 minutos, e a travessia dura cerca de meia hora.
O trajeto da Praia Nova Brasília à Praia da Fortaleza é feito por Táxis Náuticos, embarcações leves que podem ser contratadas perto do local de desembarque. A viagem dura cinco minutos.
A distância também pode ser percorrida a pé, em uma caminhada de 40 minutos, pela praia ou por uma trilha que passa pela mata.
